Pay defteri, bir şirketin (özellikle limited ve anonim şirketlerin) ortaklarının kim olduğunu, sahip oldukları pay sayısını, payların devirlerini ve paylar üzerindeki rehin/intifa haklarını gösteren resmi ve zorunlu bir defterdir. Şirketler hukukunda “Kayıt Kurucudur” ilkesi gereği, limited şirketlerde bir kişinin ortak sayılabilmesi için pay defterine kaydedilmesi şarttır.
Anonim şirketlerde ise nama yazılı pay senetlerinin sahipleri bu defterde takip edilir. Yönetim kurulu, pay devirlerini bu deftere işlemekle yükümlüdür. Defterin kaybolması veya düzensiz tutulması, ileride ortaklık yapısının ispatında büyük kaoslara yol açabilir. Özellikle miras veya boşanma durumlarında, kimin ne kadar hissesi olduğu bu deftere bakılarak tespit edilir.
Pay defteri, ticaret sicili gibi herkese açık değildir; şirketin iç defteridir. Ancak ortaklar, kendi kayıtlarını inceleme hakkına sahiptir. Defterin usulüne uygun tutulmaması, yöneticiler için hukuki ve cezai sorumluluk doğurur.