Gemi kaptanı, gemiyi sevk ve idare eden en üst düzey yetkili olmasının ötesinde, donatanın (gemi sahibinin), yük ilgililerinin ve hatta devletin gemideki resmi temsilcisi olan kişidir. Hukukumuzda kaptana tanınan yetkiler, hiçbir şirket müdürüne tanınmamıştır. Kaptan, açık denizdeyken “tek otorite”dir; gemideki düzeni sağlamak, suç işlenirse soruşturma yapmak, doğum ve ölüm olaylarını nüfus memuru gibi kaydetmek (gemi jurnaline işlemek) yetkilerine sahiptir.
Ticari açıdan kaptan, donatan adına borçlanabilir, gemi için yakıt ve kumanya alabilir, acil durumlarda kredi çekebilir. Kaptanın imzaladığı konişmento, donatanı bağlar. Kaptanın en kritik yetkisi ise acil durumlarda ortaya çıkar: Gemiyi ve yükü kurtarmak için malları denize atabilir (Müşterek Avarya) veya gemiyi feda edebilir.
Kaptanın sorumluluğu da yetkileri kadar geniştir. “Kaptanın özeni”, sıradan bir çalışandan beklenen özenden çok daha yüksektir. Kusurlu davranışlarıyla gemiye veya yüke verdiği zararlardan donatan sorumlu olsa da, donatanın kaptana rücu etme (zararı kaptandan isteme) hakkı saklıdır.