Gemi ipoteği, gemi üzerindeki mülkiyet hakkının, bir alacağın (genellikle gemi alım kredisi veya işletme sermayesi) teminatı olarak rehin edilmesidir. Gayrimenkul ipoteğine çok benzer; gemi bir menkul (taşınır) mal olsa da, ekonomik değeri ve yapısı gereği gayrimenkul gibi tescile tabidir. İpotek, gemi siciline tescil edilerek kurulur.
Gemi ipoteği alacaklıya (bankaya), borcun ödenmemesi durumunda gemiyi icra yoluyla sattırıp, satış bedelinden alacağını öncelikli olarak tahsil etme hakkı verir. Gemi dünyanın neresinde olursa olsun, ipotek hakkı gemiyi takip eder (Limon gibi gemiye yapışır). Gemi satılsa bile ipotek, yeni malike karşı da geçerliliğini korur.
Deniz finansmanının (Ship Finance) temelidir. Milyon dolarlık gemiler, genellikle bankalardan alınan kredilerle ve gemi ipoteği karşılığında inşa edilir veya satın alınır.